Högskolan i Skövde

his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
High dimensional data clustering; A comparative study on gene expressions: Experiment on clustering algorithms on RNA-sequence from tumors with evaluation on internal validation
Högskolan i Skövde, Institutionen för informationsteknologi.
2019 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

In cancer research, class discovery is the first process for investigating a new dataset for which hidden groups there are by similar attributes. However datasets from gene expressions, RNA microarray or RNA-sequence, are high-dimensional. Which makes it hard to perform clusteranalysis and to get clusters that are well separated. Well separated clusters are wanted because that tells that objects are most likely not placed in wrong clusters. This report investigate in an experiment whether using K-Means and hierarchical are suitable for clustering gene expressions in RNA-sequence data from various tumors. Dimensionality reduction methods are also applied to see whether that helps create well-separated clusters. The results tell that well separated clusters are only achieved by using PCA as dimensionality reduction and K-Means on correlation. The main contribution of this paper is determining that using K-Means or hierarchical clustering on the full natural dimensionality of RNA-sequence data returns unwanted silhouette average width, under 0,4.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. , s. 28
Nyckelord [en]
Cluster analysis, cluster validation, RNA-sequence, tumors, high-dimensional data, dimensionality reduction
Nationell ämneskategori
Systemvetenskap, informationssystem och informatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-17492OAI: oai:DiVA.org:his-17492DiVA, id: diva2:1340291
Ämne / kurs
Datavetenskap
Utbildningsprogram
Data Science - magisterprogram
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2020-11-20 Skapad: 2019-08-04 Senast uppdaterad: 2025-09-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(508 kB)1549 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 508 kBChecksumma SHA-512
9db8703aa117a326dda5dec668871a2b67505041a44e2dd9eb5d5b06d701fdfe7a09e19728e96e3289eefd739c3501c3afa4c8e0c15cd23205009e8711b61c92
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Henriksson, William
Av organisationen
Institutionen för informationsteknologi
Systemvetenskap, informationssystem och informatik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 1550 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 315 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf