his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
How to Choose a Normalization Strategy for miRNA Quantitative Real-Time (qPCR) Arrays
Högskolan i Skövde, Institutionen för vård och natur. Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi.
Högskolan i Skövde, Institutionen för vård och natur. Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi.
Högskolan i Skövde, Institutionen för vård och natur. Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi.ORCID-id: 0000-0003-1837-429X
2011 (Engelska)Ingår i: Journal of Bioinformatics and Computational Biology, ISSN 0219-7200, E-ISSN 1757-6334, Vol. 9, nr 6, s. 795-812Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Low-density arrays for quantitative real-time PCR (qPCR) are increasingly being used as an experimental technique for miRNA expression profiling. As with gene expression profiling using microarrays, data from such experiments needs effective analysis methods to produce reliable and high-quality results. In the pre-processing of the data, one crucial analysis step is normalization, which aims to reduce measurement errors and technical variability among arrays that might have arisen during the execution of the experiments. However, there are currently a number of different approaches to choose among and an unsuitable applied method may induce misleading effects, which could affect the subsequent analysis steps and thereby any conclusions drawn from the results. The choice of normalization method is hence an important issue to consider. In this study we present the comparison of a number of data-driven normalization methods for TaqMan low-density arrays for qPCR and different descriptive statistical techniques that can facilitate the choice of normalization method. The performance of the normalization methods was assessed and compared against each other as well as against standard normalization using endogenous controls. The results clearly show that the data-driven methods reduce variation and represent robust alternatives to using endogenous controls.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Imperial College Press, 2011. Vol. 9, nr 6, s. 795-812
Nyckelord [en]
miRNA, qPCR array normalization, quantitative real-time PCR
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Forskningsämne
Naturvetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-5509DOI: 10.1142/S0219720011005793ISI: 000297096300009PubMedID: 22084014Scopus ID: 2-s2.0-80855161003OAI: oai:DiVA.org:his-5509DiVA, id: diva2:512931
Tillgänglig från: 2012-03-29 Skapad: 2012-03-01 Senast uppdaterad: 2020-05-27Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Carlsson, JessicaLindlöf, Angelica

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Carlsson, JessicaLindlöf, Angelica
Av organisationen
Institutionen för vård och naturForskningscentrum för Systembiologi
I samma tidskrift
Journal of Bioinformatics and Computational Biology
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 1182 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf