his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A fold-recognition approach to loop modeling
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.ORCID-id: 0000-0002-6549-086x
Ansvarig organisation
2006 (Engelska)Ingår i: Journal of Molecular Modeling, ISSN 1610-2940, E-ISSN 0948-5023, Vol. 12, nr 2, s. 125-139Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

A novel approach is proposed for modeling loop regions in proteins. In this approach, a prerequisite sequence-structure alignment is examined for regions where the target sequence is not covered by the structural template. These regions, extended with a number of residues from adjacent stem regions, are submitted to fold recognition. The alignments produced by fold recognition are integrated into the initial alignment to create an alignment between the target sequence and several structures, where gaps in the main structural template are covered by local structural templates. This one-to-many (1:N) alignment is used to create a protein model by existing protein-modeling techniques. Several alternative approaches were evaluated using a set of ten proteins. One approach was selected and evaluated using another set of 31 proteins. The most promising result was for gap regions not located at the C-terminus or N-terminus of a protein, where the method produced an average RMSD 12% lower than the loop modeling provided with the program MODELLER. This improvement is shown to be statistically significant.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer, 2006. Vol. 12, nr 2, s. 125-139
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-1750DOI: 10.1007/s00894-005-0003-0ISI: 000234444400001PubMedID: 16096805Scopus ID: 2-s2.0-30644471975OAI: oai:DiVA.org:his-1750DiVA, id: diva2:32026
Anmärkning

The original publication is available at www.springerlink.com

Tillgänglig från: 2013-04-12 Skapad: 2008-12-02 Senast uppdaterad: 2020-01-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(382 kB)536 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 382 kBChecksumma SHA-512
3f52cc1d90461b36a512eeca76840be9099966773db14783fc801d26d6a803067eb3f55a721f960db9aab92272462962429b0b8ddf7a94b4c142885e2d1d5814
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Lundh, Dan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lundh, Dan
Av organisationen
Institutionen för kommunikation och information
I samma tidskrift
Journal of Molecular Modeling
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 540 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 971 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf