his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A method for identification of putatively co-regulated genes
Högskolan i Skövde, Institutionen för datavetenskap.
2002 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen)Studentuppsats
Abstract [en]

The genomes of several organisms have been sequenced and the need for methods to analyse the data is growing. In this project a method is described that tries to identify co-regulated genes. The method identifies transcription factor binding sites, documented in TRANSFAC, in the non-coding regions of genes. The algorithm counts the number of common binding sites and the number of unique binding sites for each pair of genes and decides if the genes are co-regulated. The result of the method is compared with the correlation between the gene expression patterns of the genes. The method is tested on 21 gene pairs from the genome of Saccharomyces cerevisiae. The algorithm first identified binding sites from all organisms. The accuracy of the program was very low in this case. When the algorithm was modified to only identify binding sites found in plants the accuracy was much improved, from 52% to 76% correct predictions.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Skövde: Institutionen för datavetenskap , 2002. , s. 72
Nyckelord [en]
Co-regulated genes, binding site, TRANSFAC, gene expression
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-705OAI: oai:DiVA.org:his-705DiVA, id: diva2:3105
Presentation
(Engelska)
Uppsök
fysik/kemi/matematik
Handledare
Tillgänglig från: 2008-02-04 Skapad: 2008-02-04 Senast uppdaterad: 2018-01-12

Open Access i DiVA

fulltext(848 kB)1107 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.psFilstorlek 848 kBChecksumma SHA-1
02d56e3cfff65f1216fb80aabae38698fae345bdfa052113c269a262616396ae0f29b4fa
Typ fulltextMimetyp application/postscript
fulltext(277 kB)903 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 277 kBChecksumma SHA-512
6b02761ca4346a96f8f9c71404df4e0d1a5353dcacfcd7cb380f83455ef99ed90e1e41655e4fe49d71aeef82b122b2ee54caff815ce7c05c43e3aff487f4ce79
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för datavetenskap
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 2010 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 744 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf