his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Batch-normalization of cerebellar and medulloblastoma gene expression datasets utilizing empirically defined negative control genes
Department of Immunology, Genetics and Pathology, Science for Life Laboratory, Rudbeck Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Department of Immunology, Genetics and Pathology, Science for Life Laboratory, Rudbeck Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Department of Immunology, Genetics and Pathology, Science for Life Laboratory, Rudbeck Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Högskolan i Skövde, Institutionen för biovetenskap. Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi. (Bioinformatik / Bioinformatics)ORCID-id: 0000-0001-6427-0315
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 35, nr 18, s. 3357-3364Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Motivation: Medulloblastoma (MB) is a brain cancer predominantly arising in children. Roughly 70% of patients are cured today, but survivors often suffer from severe sequelae. MB has been extensively studied by molecular profiling, but often in small and scattered cohorts. To improve cure rates and reduce treatment side effects, accurate integration of such data to increase analytical power will be important, if not essential.

Results: We have integrated 23 transcription datasets, spanning 1350 MB and 291 normal brain samples. To remove batch effects, we combined the Removal of Unwanted Variation (RUV) method with a novel pipeline for determining empirical negative control genes and a panel of metrics to evaluate normalization performance. The documented approach enabled the removal of a majority of batch effects, producing a large-scale, integrative dataset of MB and cerebellar expression data. The proposed strategy will be broadly applicable for accurate integration of data and incorporation of normal reference samples for studies of various diseases. We hope that the integrated dataset will improve current research in the field of MB by allowing more large-scale gene expression analyses.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Oxford University Press, 2019. Vol. 35, nr 18, s. 3357-3364
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Forskningsämne
Bioinformatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-16769DOI: 10.1093/bioinformatics/btz066ISI: 000487327500019PubMedID: 30715209Scopus ID: 2-s2.0-85072349088OAI: oai:DiVA.org:his-16769DiVA, id: diva2:1304220
Tillgänglig från: 2019-04-11 Skapad: 2019-04-11 Senast uppdaterad: 2019-10-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2878 kB)40 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 2878 kBChecksumma SHA-512
9a837a99335ebbd5bea497286b5e72c1688f49661dc71e9d610988de10b67ab6124222eef1b5e1db37b762391c8fcf255f7b1ec36bb7d2b1bcb323f123ce1bd8
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Lubovac-Pilav, ZelminaOlsson, Björn

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lubovac-Pilav, ZelminaOlsson, Björn
Av organisationen
Institutionen för biovetenskapForskningscentrum för Systembiologi
I samma tidskrift
Bioinformatics
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 76 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 313 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf