his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Normalization of microRNA expression levels in Quantitative RT-PCR arrays
Högskolan i Skövde, Institutionen för vård och natur.
2010 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Background: Real-time quantitative Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) is recently used for characterization and expression analysis of miRNAs. The data from such experiments need effective analysis methods to produce reliable and high-quality data. For the miRNA prostate cancer qRT-PCR data used in this study, standard housekeeping normalization method fails due to non-stability of endogenous controls used. Therefore, identifying appropriate normalization method(s) for data analysis based on other data driven principles is an important aspect of this study.

Results: In this study, different normalization methods were tested, which are available in the R packages Affy and qpcrNorm for normalization of the raw data. These methods reduce the technical variation and represent robust alternatives to the standard housekeeping normalization method. The performance of different normalization methods was evaluated statistically and compared against each other as well as with the standard housekeeping normalization method. The results suggest that qpcrNorm Quantile normalization method performs best for all methods tested.

Conclusions: The qpcrNorm Quantile normalization method outperforms the other normalization methods and standard housekeeping normalization method, thus proving the hypothesis of the study. The data driven methods used in this study can be applied as standard procedures in cases where endogenous controls are not stable.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2010. , s. 30
Nyckelord [en]
Normalization, MicroRNA, Quantile, qRT-PCR
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-4133OAI: oai:DiVA.org:his-4133DiVA, id: diva2:324414
Presentation
2010-05-19, P201, Portalen, Skövde, 14:00 (Engelska)
Uppsök
medicin
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2010-06-16 Skapad: 2010-06-15 Senast uppdaterad: 2010-06-16Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Ameya_Thesis(944 kB)228 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 944 kBChecksumma SHA-512
03c0696121a6f5eafaa08c83dec910a635b3c2bb846c4d5c64b25576561cb603e57503e1a675daf70d2f6e298a758c694771372e8883ec3eba74b867248ee2e9
Typ fulltextMimetyp application/pdf
fulltext(944 kB)366 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 944 kBChecksumma SHA-512
03c0696121a6f5eafaa08c83dec910a635b3c2bb846c4d5c64b25576561cb603e57503e1a675daf70d2f6e298a758c694771372e8883ec3eba74b867248ee2e9
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Deo, Ameya
Av organisationen
Institutionen för vård och natur
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 594 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 508 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf