Högskolan i Skövde

his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Inferring Genetic Networks from Expression Data with Mutual Information
Högskolan i Skövde, Institutionen för datavetenskap.
2002 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen)Studentuppsats
Abstract [en]

Recent methods to infer genetic networks are based on identifying gene interactions by similarities in expression profiles. These methods are founded on the assumption that interacting genes share higher similarities in their expression profiles than non-interacting genes. In this dissertation this assumption is validated when using mutual information as a similarity measure. Three algorithms that calculate mutual information between expression data are developed: 1) a basic approach implemented with the histogram technique; 2) an extension of the basic approach that takes into consideration time delay between expression profiles; 3) an extension of the basic approach that takes into consideration that genes are regulated in a complex manner by multiple genes. In our experiments we compare the mutual information distributions for profiles of interacting and non-interacting genes. The results show that interacting genes do not share higher mutual information in their expression profiles than non-interacting genes, thus contradicting the basic assumption that similarity measures need to fulfil. This indicates that mutual information is not appropriate as similarity measure, which contradicts earlier proposals.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Skövde: Institutionen för datavetenskap , 2002. , s. 91
Nyckelord [en]
Gene Expression, Gene Expression Analysis, Genetic Networks, Gene Regulation, Mutual Information
Nationell ämneskategori
Systemvetenskap, informationssystem och informatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-736OAI: oai:DiVA.org:his-736DiVA, id: diva2:3139
Presentation
(Engelska)
Uppsök
samhälle/juridik
Handledare
Tillgänglig från: 2008-02-06 Skapad: 2008-02-06 Senast uppdaterad: 2018-01-12

Open Access i DiVA

fulltext(2170 kB)518 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.psFilstorlek 2170 kBChecksumma SHA-1
49fb989fc076e183dd9d04e440758d50b251ccc1b9448bb852ef2d246f7201675aca631a
Typ fulltextMimetyp application/postscript
fulltext(328 kB)203 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 328 kBChecksumma SHA-512
cde6ca22fd1f3356e355b2fccb40eaf70075b8692bbf9a88e664e6e08fb4a7ea6d5ed3e0e7f57113d6b01748d247d358c747096688c0a787661c5e826b27f42b
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för datavetenskap
Systemvetenskap, informationssystem och informatik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 722 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 326 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf