his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Analysing subsets of gene expression data to find putatively co-regulated genes
Högskolan i Skövde, Institutionen för datavetenskap.
2002 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen)Studentuppsats
Abstract [en]

This project is an investigation of whether analysing subsets of time series gene expression data can give additional information about putatively co-regulated genes, compared to only using the whole time series. The original gene expression data set was partitioned into subsets and similarity was computed for both the whole timed series and subsets. Pearson correlation was used as similarity measure between gene expression profiles. The results indicate that analysing co-expression in subsets of gene expression data derives true-positive connections, with respect to co-regulation, that are not detected by only using the whole time series data. Unfortunately, with the actual data set, chosen similarity measure and partitioning of the data, randomly generated connections have the same amount of true-positives as the ones derived by the applied analysis. However, it is worth to continue further analysis of the subsets of gene expression data, which is based on the multi-factorial nature of gene regulation. E.g. other similarity measures, data sets and ways of partitioning the data set should be tried.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Skövde: Institutionen för datavetenskap , 2002. , s. 71
Nyckelord [en]
gene expression, gene regulation, correlation, co-expressed, co-regulation
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-712OAI: oai:DiVA.org:his-712DiVA, id: diva2:3113
Presentation
(Engelska)
Uppsök
fysik/kemi/matematik
Handledare
Tillgänglig från: 2008-02-04 Skapad: 2008-02-04 Senast uppdaterad: 2018-01-12

Open Access i DiVA

fulltext(2266 kB)409 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.psFilstorlek 2266 kBChecksumma SHA-1
40fcba56cd1c8bba21cc91bd8d496276698ea4ed66ebc4888a7850874d0f8688f3b79f80
Typ fulltextMimetyp application/postscript

Av organisationen
Institutionen för datavetenskap
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 409 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 302 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf