his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A fast protein-ligand docking method
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
2006 (Engelska)Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats
Abstract [en]

In this dissertation a novel approach to protein-ligand docking is presented. First an existing method to predict putative active sites is employed. These predictions are then used to cut down the search space of an algorithm that uses the fast Fourier transform to calculate the geometrical and electrostatic complementarity between a protein and a small organic ligand. A simplified hydrophobicity score is also calculated for each active site. The docking method could be applied either to dock ligands in a known active site or to rank several putative active sites according to their biological feasibility. The method was evaluated on a set of 310 protein-ligand complexes. The results show that with respect to docking the method with its initial parameter settings is too coarse grained. The results also show that with respect to ranking of putative active sites the method works quite well.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2006. , s. 74
Nyckelord [en]
protein-ligand docking, molecular modelling, putative active sites ranking, fast Fourier transform
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-69OAI: oai:DiVA.org:his-69DiVA, id: diva2:3087
Presentation
(Engelska)
Uppsök
fysik/kemi/matematik
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2007-06-13 Skapad: 2007-06-13 Senast uppdaterad: 2018-01-12

Open Access i DiVA

fulltext(946 kB)797 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 946 kBChecksumma SHA-1
8a783ca240f22c5d8c5b032d23f3d36c7002a4a9bef4c02ab60d556e96689dfd001e8297
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för kommunikation och information
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 797 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 455 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf