his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
GOSAP: Gene Ontology Based Semantic Alignment of Biological Pathways
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
2005 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

A large number of biological pathways have been assembled in later years, and are being stored in databases. Hence, the need for methods to analyse these pathways has emerged. One class of methods compares pathways, in order to discover parts that are evolutionary conserved between species or to discover intra-species similarites. Most previous work has been focused on methods targeted at metabolic pathways utilising the EC enzyme hierarchy. Here, we propose a Gene Ontology (GO) based approach for finding semantic local alignments when comparing paths in biological pathways where the nodes are gene products. The method takes advantage of all three sub-ontologies, and uses a measure of semantic similarity to calculate a match score between gene products. Our proposed method is applicable to all types of biological pathways, where nodes are gene products, e.g. regulatory pathways, signalling pathways and metabolic enzyme-to-enzyme pathways. It would also be possible to extend the method to work with other types of nodes, as long as there is an ontology or abstraction hierarchy available for categorising the nodes. We demonstrate that the method is useful for studying protein regulatory pathways in S. cerevisiae, as well as metabolic pathways for the same organism.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Skövde: Institutionen för kommunikation och information , 2005. , s. 8
Serie
IKI Technical Reports ; HS-IKI-TR-05-005
Nationell ämneskategori
Systemvetenskap, informationssystem och informatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-1260OAI: oai:DiVA.org:his-1260DiVA, id: diva2:2396
Tillgänglig från: 2008-06-17 Skapad: 2008-06-17 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(105 kB)422 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 105 kBChecksumma SHA-1
85396e5f9663348d75ee24ea3466b2ddac7e438cc138ed114f922f365acf00d5a62d6288
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Personposter BETA

Gamalielsson, JonasOlsson, Björn

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Gamalielsson, JonasOlsson, Björn
Av organisationen
Institutionen för kommunikation och information
Systemvetenskap, informationssystem och informatik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 422 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 1149 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf