his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
On the Robustness of Algorithms for Clustering of Gene Expression Data
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
2003 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

The progress in microarray technology is evident and huge amounts of gene expression data are currently being produced. A complicating matter is that there are various sources of uncertainty in microarray experiments, as well as in the analysis of expression data. This problem has generated an increased interest in the validation of methods for analysis of expression data. Clustering algorithms have been found particularly useful for the study of coexpressed genes, and this paper therefore concerns the robustness of partitional clustering algorithms. These algorithms use a predefined number of clusters and assign each gene to exactly one cluster. The effect of repeated clustering using identical algorithm parameters and input data is investigated for the self-organizing map (SOM) and the $k$-means algorithm. The susceptibility to measurement noise is also studied. A reproducibility measure is proposed and used to assess the results from the performed clustering experiments. Well-known publicly available datasets are used. Results show that clusterings are not necessarily reproducible even when identical algorithm parameters are used, and that the problems are aggravated when measurement noise is introduced.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Skövde: Institutionen för kommunikation och information , 2003. , s. 10
Serie
IKI Technical Reports ; HS-IDA-TR-03-004
Nationell ämneskategori
Systemvetenskap, informationssystem och informatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-1248OAI: oai:DiVA.org:his-1248DiVA, id: diva2:2382
Tillgänglig från: 2008-06-17 Skapad: 2008-06-17 Senast uppdaterad: 2018-01-13

Open Access i DiVA

fulltext(213 kB)485 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 213 kBChecksumma SHA-1
c78ea486bb9b0aafa9cac881d863768a2802f901d033f4a258b825fcc6922c7926c11489
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Personposter BETA

Gamalielson, JonasOlsson, Björn

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Gamalielson, JonasOlsson, Björn
Av organisationen
Institutionen för kommunikation och information
Systemvetenskap, informationssystem och informatik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 485 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 1122 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf