Högskolan i Skövde

his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
An assessment of the surrogate host metagenome-assembled genome decontamination for non-model host organisms: Proof-of-concept
Högskolan i Skövde, Institutionen för biovetenskap.
2023 (Engelska)Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

In this study, a novel method has been assessed to bridge the gap between bioinformatics and ecological conservation efforts to gain evidence to further base conservational plans on. Herein, the validity of using a provisional host metagenome-assembled metagenome to decontaminate the data from host contamination was concluded. To achieve this, 11 samples of increasing host contamination were devised by simulating reads from 100 genomes representing Platanthera bifolia and Platanthera chlorantha endophytic root microbiomes. By following the Critical Interpretation of Metagenome Interpretation benchmarking framework, the method was evaluated on assembly and binning performance. The study concluded strong negative correlations with host contamination that is derived by the lowered proportion of endophytic sequence depth at the higher host contamination levels. Furthermore, statistically significant difference between the control and the perfect GHOST-MAGNET was determined when accounting for the proportion of bins being endophytic.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2023. , s. 39
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-22794OAI: oai:DiVA.org:his-22794DiVA, id: diva2:1773642
Externt samarbete
Center for Evolutionary Hologenomics at the GLOBE Institute of the University of Copenhagen
Ämne / kurs
Bioinformatik
Utbildningsprogram
Molekylär bioinformatik, 180 hp
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2023-06-22 Skapad: 2023-06-22 Senast uppdaterad: 2023-06-22Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2357 kB)49 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2357 kBChecksumma SHA-512
f4d75a62c9250d693cbeb534d5c696ec92f9e93effd3bcfcb784c103594456da091414705039a619204b21628e34216f6ef8fcc302999cbf6d1105d545382eb5
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för biovetenskap
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 49 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 136 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • apa-cv
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf