his.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
On the (lack of) robustness of gene expression data clustering
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi. Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
2004 (Engelska)Ingår i: WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine, ISSN 1109-9518, E-ISSN 2224-2902, Vol. 1, nr 2, s. 198-204Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We assess the robustness of partitional clustering algorithms applied to gene expression data. A number of clusterings are made with identical parameter settings and input data using SOM and  k-means algorithms, which both rely on random initialisation and may produce different clusterings with different seeds. We define a reproducibility index and use it to assess the algorithms. The index is based on the number of pairs of genes consistently clustered together in different clusterings. The effect of noise applied to the original data is also studied. Our results show a lack of robustness for both classes of algorithms, with slightly higher reproducibility for SOM than for k-means.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
World Scientific and Engineering Academy and Society, 2004. Vol. 1, nr 2, s. 198-204
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-2334OAI: oai:DiVA.org:his-2334DiVA, id: diva2:114132
Tillgänglig från: 2008-12-19 Skapad: 2008-11-06 Senast uppdaterad: 2017-12-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(166 kB)400 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 166 kBChecksumma SHA-512
8c3eabbc6056f3cceffbef2788b165597b07ae129f37b4e66c7c1239f563e9253de171a506132b2a4de2962f35628371c8ae8f4b9e74822e954a152e373382bf
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Personposter BETA

Gamalielsson, JonasOlsson, Björn

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Gamalielsson, JonasOlsson, Björn
Av organisationen
Institutionen för kommunikation och informationForskningscentrum för Systembiologi
I samma tidskrift
WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 407 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 1188 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf