his.sePublikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
On the (lack of) robustness of gene expression data clustering
Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi. Högskolan i Skövde, Institutionen för kommunikation och information.
2004 (engelsk)Inngår i: WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine, ISSN 1109-9518, E-ISSN 2224-2902, Vol. 1, nr 2, s. 198-204Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

We assess the robustness of partitional clustering algorithms applied to gene expression data. A number of clusterings are made with identical parameter settings and input data using SOM and  k-means algorithms, which both rely on random initialisation and may produce different clusterings with different seeds. We define a reproducibility index and use it to assess the algorithms. The index is based on the number of pairs of genes consistently clustered together in different clusterings. The effect of noise applied to the original data is also studied. Our results show a lack of robustness for both classes of algorithms, with slightly higher reproducibility for SOM than for k-means.

sted, utgiver, år, opplag, sider
World Scientific and Engineering Academy and Society, 2004. Vol. 1, nr 2, s. 198-204
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-2334OAI: oai:DiVA.org:his-2334DiVA, id: diva2:114132
Tilgjengelig fra: 2008-12-19 Laget: 2008-11-06 Sist oppdatert: 2017-12-14bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltekst(166 kB)400 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT02.pdfFilstørrelse 166 kBChecksum SHA-512
8c3eabbc6056f3cceffbef2788b165597b07ae129f37b4e66c7c1239f563e9253de171a506132b2a4de2962f35628371c8ae8f4b9e74822e954a152e373382bf
Type fulltextMimetype application/pdf

Personposter BETA

Gamalielsson, JonasOlsson, Björn

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Gamalielsson, JonasOlsson, Björn
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 407 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

urn-nbn

Altmetric

urn-nbn
Totalt: 1188 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf